El equipo, dirigido por Miguel Hermosilla y comandado por el campeón del mundo Marcelo Trobbiani, levantó por cuarta vez la Copa de campeón frente a Colo-Colo en Calama derrotándolo por 1-0, un ingrediente extra para lo que terminaría siendo la fiesta total. En la temporada del año 2004 se añadió el nombre del club alrededor del escudo y debajo de este se escribió la palabra Dignidad como una forma de protesta debido a que el Boys se rehusó a participar de un cuadrangular para definir al tercer representante peruano en la Copa Libertadores por haber sido el equipo que alcanzó los puntos necesarios para clasificar, sin embargo por un manejo de la Federación Peruana de Fútbol fue excluido de este torneo internacional.
