El Rojo debutó en el torneo de la Primera B Nacional 2013-14 con una derrota por 1-2 en su propia cancha ante Brown de Adrogué, equipo recién ascendido desde tercera división. La selección liderada por Luis Enrique se estrena ante Costa Rica. Estuvo cuatro fechas más sin conocer la victoria, camisetas barcelona quedando relegado en zona de descenso a la Primera B Metropolitana. El descenso de Independiente motivó el regreso de tres jugadores muy queridos; Daniel Montenegro, Federico Insúa (campeones en 2002) y Facundo Parra (campeón en 2010). Los tres resultaron clave, e Independiente logró su primera victoria en la sexta fecha, por 1-0 ante Huracán en los últimos minutos del partido.
