Terminó el equipo almeriense la primera vuelta en tercera posición y con 38 puntos cosechados, sin embargo, la segunda vuelta fue algo más irregular y, como en la temporada anterior, en la fase final el equipo se mostró menos sólido y llegó a caer hasta la 5.ª posición apenas 5 partidos antes del final de liga. En la temporada 1999/2000 el club parte como uno de los favoritos para repetir los logros de la campaña anterior, pero al final no se consigue al quedar quinto y a un solo punto del cuarto clasificado, camiseta del barcelona por lo que queda fuera de la liguilla de ascenso.
